Les bryophytes aquatiques sont largement utilisées comme bioindicateurs de la qualité des cours d'eau. En effet, par leus propriétés bioaccumulatrices, elles informent sur des événements de pollution métallique passés et présents. Actuellement, dans le cadre des études de biosurveillance (métaux lourds, radionucléides), des bryophytes autochtones (in situ) ou allochtones (transplantées) sont couramment utilisées. Une nouvelle perspective s'ouvre avec l'utilisation des bryophytes en culture. Ceci permet de pallier la raréfaction, voire l'absence de bryophytes de certaines régions.
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