L'estuaire de la Seine a été fortement aménagé aboutissant à une réduction de la zone intertidale à moins de 30 km, à une chenalisation du fleuve de Poses à la mer et à une forte compartimentalisation de l'édifice biologique qui est diversifié en habitats mais pauvre en espèces.
Il existe des contrastes entre des zones où la faune est très abondante (vasière intertidale nord ; plancton de la partie salée de l'estuaire) et des zones presque azoïques (benthos de l'estuaire fluvial). Il existe, d'une part, des paradoxes entre l'extrême abondance des premiers maillons de la chaîne trophique et le fait que ceux-ci soient soumis à des apports en contaminants et, d'autre part, entre l'abondance des proies disponibles et la pauvreté de l'ichtyofaune.
L'estuaire aval reste un lieu de nourrissage important pour les juvéniles de poissons marins et les oiseaux, notamment les limicoles. La gestion globale de l'estuaire impose des mesures permettant le maintien de la fonctionnalité actuelle de cet estuaire d'intérêt européen pour les oiseaux et assurant la restauration des grands poissons migrateurs.
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