Monument triomphal élevé « au sommet des Pyrénées » (Summus Pyrenaeus), à la jonction des voies Domitienne et Augustéenne, le trophée de Pompée marquait dans l'Antiquité la frontière entre la Gaule et l'Hispanie. Il est ainsi localisé par Salluste, Strabon, Pline l'Ancien, Dion Cassius et Exuperantius.
Au lendemain des guerres sertoriennes (71 av. J.-C.), Pompée inaugurait ainsi une nouvelle conception du trophée gréco-romain : délaissant le site de la victoire décisive, il choisit plutôt d'implanter son trophée à l'entrée du pays reconquis, l'Hispanie. Sa forme architecturale devait s'inspirer des grands monuments turriformes hellénistiques, pour la plupart aujourd'hui disparus (trophées, mausolées, phares), peut être des réalisations mêmes d'Alexandre le Grand à qui Pompée se comparait volontiers. Seul trophée républicain de ce genre, très partiellement conservé mais restituable, il a vraisemblablement servi de modèle au trophée des Alpes à La Turbie (Alpes-Maritimes), élevé en l'honneur d'Auguste (7-6 av. J.-C.). Le monument de Panissars apparaît donc comme un maillon essentiel dans la connaissance des trophées de la fin de la République romaine.
Cependant, isolé dans la campagne, il subit les outrages du temps et des hommes, exploité en carrière principalement pour la construction et les restaurations des Clausurae, forteresses établies durant
l'Antiquité tardive à 3,5 km en aval sur le versant gaulois. Dépouillé jusqu'aux fondations à la fin du IVe s. apr. J.-C., il perdit une nouvelle partie de ses blocs en grand appareil au XIe s., lors de la construction sur ses ruines d'une église dédiée à sainte Marie, qui accompagnait l'installation d'une communauté villageoise, mentionnée dès le IXe s. Avec ses fondations arasées dès le IVe s., puis remployées sous et dans les constructions médiévales, le trophée disparut très tôt de la mémoire collective au point qu'aucun toponyme n'en a conservé le souvenir.
Vers 1097, le site devint le siège d'un prieuré bénédictin qui, établi à l'entrée de la péninsule Ibérique, servit de halte sur le « chemin de Saint-Jacques » entre Perpignan et La Jonquera (présence d'une avant-nef ouverte).
Avec l'établissement de la frontière franco-espagnole et la militarisation des lieux au lendemain du traité des Pyrénées (1659), le site fut transformé en carrière et les blocs de parement encore en place sur la face est, qui avaient été intégrés dans l'église, furent récupérés pour la construction du fort de Bellegarde (0,5 km à l'est).
L'endroit n'était plus qu'un amas de ruines à la fin du XVIIe s. et le resta jusqu'aux premiers travaux de déblaiement en 1983, à l'initiative de l'association culturelle « Salvaguarda » et de la fédération des chantiers « REMPART ». Les fouilles entreprises par la suite (1984) permirent d'identifier aux vestiges du trophée de Pompée les fondations romaines à nouveau visibles (tranchées taillées dans le rocher, blocage maçonné et derniers blocs encore en place à l'angle nord est). Le site est aujourd'hui partagé entre la France (pour deux tiers) et l'Espagne (un tiers). Commencées sur le versant nord par l'équipe française en 1984 (sous la direction de G. Castellvi), les fouilles furent étendues en 1990 au territoire espagnol par l'équipe sud-catalane (sous la direction de J. M. Nolla et I. Rodà) puis achevées conjointement en 1993.
Cette monographie commune réunit ainsi les résultats des recherches de ces deux équipes auxquelles ont collaboré une quinzaine de spécialistes des deux versants pyrénéens.
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